除开文物价值之外，巨大的考古价值正蕴含在一个个历史谜团当中。考古人员在打捞的前期准备工作中设置了最热门的三个悬念。

　　悬念1南海一号翻船是否超载？

　　根据较早前的勘察，“南海一号”在海底的沉船比较平稳，似乎不像遇到大风浪时候船身东倒西歪的痕迹，所以我们现在正在了解，这条船到底是怎样沉下去的？

　　“关于南海一号的沉没原因，我们已经有了新的发现，不过目前还不能透露。”考古人员表示，欧洲有2条著名的军舰，一条是瑞典的“瓦沙”号，另一条是英国的“玛丽·罗斯号”，他们都是因为加装了大炮造成船身载重量过大而沉没的。那么“南海一号”是否也因为超载而沉船呢？

　　悬念2南海一号始发地为何处？

　　南海一号当年到底始发于哪里？是发自海上丝绸之路的起点吗？专家根据船载货物推断，南海一号驶自泉州港及以北方向的可能性比较大。

　　南海一号出水文物大多是江西和福建的瓷器，还有景德镇的瓷器，景德镇位于福建的西北方，船逆流而上去运货可能性较小。此外，中山大学历史系宋代史专家曹家启教授分析，史料中曾有记载，在宋代广东港的船少有向北航行的，多发自泉州及以北港口。所以综合分析，“南海一号”发自广州的可能性不大，很可能是福建泉州地区地区。”

　　悬念3生活舱浓缩中国海洋时代？

　　南海一号的文物价值，已经有人估计可能会超过千亿美金。但对于考古人员来说，船员生活舱所包含的历史信息更是无价之宝。作为目前世界上发现的最大宋代船只，其生活舱究竟蕴藏着什么丰富的历史信息呢？

　　广东省文化厅厅长曹淳亮告诉记者，南宋时期的中国是一个航海国家，传统历史都认为中国为农耕国家，但是南宋或许是个例外。南宋是中国最富庶的朝代之一，因为国家财富积累大部分都是依靠海外贸易，所以南宋甚至可以称为古代中国的海洋时代。曹厅长强调，本次整体打捞的方案可以获得一个维持原貌的海船生活舱，生活舱可以说是浓缩了整个时代背景，包含的历史信息可能超乎我们的想象。