《复旦大学建校一百周年》邮票共采用了5种防伪方式：

　　1.防伪纸张：邮票用纸为蓝色荧光纤维纸。

　　2.荧光油墨：票图上校庆标志中的红刷色“100”字样为红色荧光油墨，在紫光灯下呈现亮丽的橘红色，为复旦大学百年校庆增添了喜庆色彩。

　　3.金属光泽防伪油墨：点题之笔“日月光华 旦复旦兮”、校徽图案以及底纹部分，采用了我国最新研制并首次在邮票中使用的高科技防伪油墨——金属光泽凹印油墨，这种油墨具有闪光的金属光泽、抗氧化和防复制等特色，在不同的角度或光源下观察，所显现的光泽效果也不同，水波纹上或隐或现的金属光泽，如同历史长河中的点点露珠，富有动感，形象地突出了“日月光华 旦复旦兮”这一主题。

　　4.无墨起凸：这套邮票在采用具有防伪效果的雕刻版的同时，对校庆标志中的“复旦100”篆字使用了无墨起凸新技术，使“复旦100”字样高高隆起，手感突出，在一定的角度下观察，立体效果特别明显，既防伪又耐看，具有强烈的艺术感染力。

　　5.无色荧光喷码：这套邮票至少采用了6位数和7位数两种不同的荧光喷码印刷形式，例如6位数的喷码033243D，规格为14.3 x2.5毫米；7位数的喷码0157112D，规格为16.4x2.5毫米。喷码方向与“中国邮政”铭记平行，为横向排列形式。笔者发现这套邮票的荧光喷码比较紧凑，7位数的喷码长度仅为16.4毫米，而以往的7位数喷码长度多在18毫米以上。侧面观察喷印在票面上的无色荧光喷码，仿佛在闪闪的金属光泽中又点缀了些许银点，非常有趣。